Hidroponik adalah budidaya menanam dengan memanfaatkan air tanpa menggunakan tanah dengan menekankan pada pemenuhan kebutuhan nutrisi bagi tanaman. Kebutuhan air pada hidroponik lebih sedikit daripada kebutuhan air pada budidaya dengan tanah. Hidroponik menggunakan air yang lebih efisien, jadi cocok diterapkan pada daerah yang memiliki pasokan air yang terbatas. SKB Jepara mencoba mengembangkan hidroponik di lingkungannya. Banyak tanaman yang sudah dikembangkan seperti sawi cendok, selada hijau, selada merah, daun mint dan akhir akhir ini mulai mengembangkan tanaman buah seperti melon, tomat dan timun jepang.
Holtikultura buah melon
Kegiatan holtikultura diperuntukkan kepada peserta didik Paket B dan Paket C untuk mengembangkan di lingkungannya masing masing dan menjadi wahana untuk berlatih berwirausaha. SKB Jepara juga membuka selebar lebarnya kepada warga masyarakat atau instansi yang ingin belajar tentang hidroponik di SKB Jepara. Sesuai dengan tagline SKB Jepara menjadi swalayan Pendidikan Non Formal.