SKB Jepara berdiri berdasarkan SK Mendikbud RI No. 039/0/1998 tentang pembentukan SKB yang ditetapkan di Jakarta pada tanggal 23 Pebruari 1998. Pada awalnya SKB menempati bekas SDN Mindahan 02 yang sudah tutup, seluas 3.635 m2.
Dulu, SKB Jepara adalah UPT pusat yang ada di daerah, seiring dengan berubahnya sistem pemerintahan dari sentralistik menjadi desentralistik, maka sejak tahun 2000 SKB Jepara menjadi Unit Pelaksana Teknis Daerah, tertuang dalam SK Bupati No. 061.1/757/2000.
Kedudukan SKB di Jepara semakin kuat dengan dimasukkannya sebagai UPTD Dinas P dan K Kabupaten Jepara sesuai Perda Nomor 13 Tahun 2003 tentang pembentukan, susunan organisasi, tupoksi dinas daerah Kabupaten Jepara.
Pada tahun 2008 diterbitkan Peraturan Bupati Jepara Nomor 29 Tahun 2008 sebagai UPT Dinas Pendidikan Pemuda dan Olahraga. Pada tahun 2016 keluar Peraturan Menteri Pendidikan dan Kebudayaan Nomor 4 tahun 2016 tentang alih fungsi Sanggar Kegiatan Belajar menjadi satuan Pendidikan Non formal Sejenis (berita Negara Republik Indonesia tahun 2016 Nomor 330) SKB Jepara telah beralih fungsi sesuai dengan Peraturan Bupati Nomor 63 Tahun 2016. Tahun 2018 diterbitkan Peraturan Bupati Jepara, Nomor 1 Tahun 2018 tentang Pembentukan Unit Pelaksana Teknis Daerah pada Perangkat Daerah.